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使用R中的igraph包传播顶点属性
我正在寻找一种智能方法，使用带有R语言的igraph包在有向图中传播顶点属性 . 我对网络和属性的命名并不熟悉，但我会尽我所能 . 一个例子： library(igraph) library(dplyr) from_to_df = data.frame(from = c("a", "b", "c", "d", &quo... -
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二分网络中的顶点属性
首先，我对R很新，如果这是一个简单的问题，请道歉 . 我有一个.csv，有一个组边缘网络，与之关联的人以及人和组的一些属性 例如 团体人物游戏团体游戏简爱斯诺克斯诺克网球B约翰多伊足球足球比尔史密斯网球网球弗朗西斯安德伍德足球足球弗朗西斯安德伍德足球网球 我画了一个二分网络： df <- read.csv("file.csv", header = TRUE, sep ... -
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在igraph中重新编码顶点属性
我有一个属性是一个字符的图形 . 我想将字符转换为数字变量： #install.packages(c("igraph", "igraphdata")) library(igraph) library(igraphdata) data(macaque) get.vertex.attribute(macaque,"shape") 如何将“s... -
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for循环删除igraph中的顶点属性
我想在igraph中删除多个顶点属性 . 到目前为止，我尝试使用delete_vertex_attr函数进行for循环 . 但是，由于某种原因，它只删除列表中的最后一个属性 . 以下是一个简化示例： g <- erdos.renyi.game(10,.3) g <- set_vertex_attr(g,"a", index = V(g), 1) g <- s... -
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ARPACK错误，达到的最大迭代次数
我正在使用R并运行领先的特征向量社区检测算法 . comm[2,]=c(membership(leading.eigenvector.community(g,options=list(maxiter=30120),weight=E(g)$weight)),max(leading.eigenvector.community(g,weight=E(g)$weight)$modularity)) 当我对... -
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R中与igraph中的转置边缘列表的邻接
我有一个相对较大的2模式网络，其邻接矩阵形式有4000行和9000列，我有兴趣查看列之间的关系 . 使用较小的网络我会做 t(matrix) %*% matrix ，但我认为9000 ^ 2矩阵会最大化我的计算机上的内存 . 一种选择是将igraph邻接矩阵转换为sna pacakge格式，并使用 sna::gt ，但我想知道igraph中是否有类似的功能？ 谢谢， -
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识别影响焦点节点介于中间的节点
我想知道识别影响焦点节点i的中介中心性的节点（j，k）的最佳方法 . 由于介于基于通过i的j和k之间的测地线，因此实现此目的的一种方法是获取网络中的所有最短路径，仅选择包含i的那些路径，并获取这些路径上的节点ID . 然而 library(igraph) test <- shortest_paths(sample_gnp(200,.001),from=1) 运行大约需要9秒钟，这... -
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使用Igraph在R中可视化多个网络
我需要在同一页面上可视化非常大量（10k）的不同网络，并为每个节点标记一个类型（二进制） . 除少数网络外，每个网络都相对较小 . 链接长度/加权对于此数据集并不重要，只要密度明显，就可以在较大网络上进行高度重叠 . 我已经查看了一些Igraph文档，并且能够使用节点/链接列表创建单独的图形 . 但是，如果可能的话，我想了解如何将大量网络（目前只有10k阵列，其中包含节点标识和内部类型）转换为10... -
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如何使用statnet / igraph创建包含边缘和隔离的网络
我的问题类似于此处发布的问题：Network adding edges error 我正在创建一个划痕的网络：我有13个时期的228个顶点的数据 . 在第一年，我只有1781个边缘：它们不涉及我的所有顶点（仅164个），因此剩余的节点应该是孤立的 . 我使用代码从边缘列表开始创建网络 fdi.graph.2003 <- graph_from_data_frame(fdi.edge.2003,... -
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是否有一个包将网络（）或igraph（）网络转换为R中兼容的Rgraphviz？
花了很多时间在SNA和igraph包中用于分析的格式格式化网络 . 这些和Rgraphviz所需的数据类型之间是否存在桥梁？通过这个，我的意思是，保留：源到目的地，标签，边缘权重，其他属性，如颜色等 . -
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使用R中的igraph仅显示网络图上的特定标签
我正在尝试绘制仅显示某些顶点的标签的图形 . 在这种情况下，我想只显示具有一定数量边的顶点的标签 . 我正在读取图形对象中的顶点和边缘，如下所示： nodes <- read.csv("path_to_file.csv") edges <- read.csv("path_to_file.csv") g <- graph_from_data_... -
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使用最短路径计算连接概率
我想知道igraph中是否有函数来计算加权图中顶点之间的连接概率，其中边的权重是相邻顶点连接的概率 . 我已经基于这样的邻接矩阵构建了一个图形，其中相邻连接概率形成权重（这适用于河流网络，因此图的每个节点仅连接到单个下游节点） . 我本来希望在igraph中使用类似 shortest.paths 函数的东西，但总和权重而不是计算它们的乘积，我无法找到改变它的方法 . 下面的例子展示了我如何根据我拥... -
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igraph无效顶点Id
我正在尝试使用以下代码运行igraph的快速贪婪社区检测算法： G = Graph() L = [] V = [] for row in cr: try: l = [] source = int((row[0]).strip()) target = int((row[1]).strip()) weight = int((r... -
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R中的igraph没有显示边缘箭头
我正在使用igraph库在R中创建网络图 . 输入数据是邻接矩阵 . 但是，没有连接顶点的边缘箭头 . 我的加权邻接矩阵看起来像这样： A B C A 0 3 5 B 2 0 6 C 0 7 0 这是我在R中的代码： net <- graph.adjacency(adj_matrix, mode = 'undirected', weighted = TR... -
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如何在igraph中导入二分网络的顶点和边缘属性？
我想分析通过共享公司董事相关的公司数据集 . 问题是我首先创建一个二分网络，然后使用它的投影，我不知道何时附加顶点属性 . 我从一个包含以下列的大型数据框开始： CompanyID，Director ID，CompanyName，Revenue，Size，Ticker，DirectorName，Director Position，ChairmanDummy，NumberofBoardSeats 我... -
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R中的Louvain社区检测使用igraph - 边缘和顶点格式
我有一个得分的相关矩阵，我想在igraph中使用Louvain方法进行社区检测，在R.我使用 cor2dist 将相关矩阵转换为距离矩阵，如下所示： distancematrix <- cor2dist(correlationmatrix) 这给出了距离0-2的400 x 400矩阵 . 然后我使用以下方法从http://kateto.net/networks-r-igraph（第3.1节）... -
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如何使用R绘制学位共同性？
我正在攻读学位协调能力 . 我使用R使用igraph包计算了程度的协调性 . 我尝试了这个代码，但它只计算整体度的协调性值 [library(igraph) datafile <- "c:\\Users\\Alex\\Desktop\\data.csv" sd_edgelist <- read.csv(datafile) sd_edgelist <- sd_e... -
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如何使用igraph或tnet在R中创建二分网络
我有一个双模网络的边缘列表，类似于： person Event Amy football_game Sam picnic Bob art_show 我想在R中对此进行分析，但看起来我尝试的一切都失败了 . 将其转换为单模式网络会遇到内存限制，我无法弄清楚如何在igraph或tnet中将其分析为二分 . 在igraph中， bipartite.projection 给了我... -
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用igraph简化电子邮件网络
我正在分析一个电子邮件网络 . 我在R上的有向图中加载了以下信息： 顶点类型：人，电子邮件 V(g)[ type == "person" ] V(g)[ type == "email" ] 边缘类型：发送，接收 E(g)[ type == "send" ] E(g)[ type == "receive" ] 例如：... -
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“R社交网络分析实验室”（斯坦福大学教程）：对图形对象/网络类的困惑
如果这个问题看起来多余，我很抱歉，但是我开始使用R及其SNA工具进行课程，并且已经运行了几个不同的教程/实验室来习惯 . 总是被推荐的资源是斯坦福大学的SNA实验室，但即使只是运行入门实验室也会返回一些让我感到困惑的错误 . 带注释的完整R代码可在此处获得： http://sna.stanford.edu/lab.php?l=1 第一部分是相当简单的，我理解发生了大部分事情 . 但是一旦我尝试将顶... -
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R：Loop contract.vertices计算Igraph中社交网络中组的网络度量
我正在尝试使用R中的Igraph在我的网络中计算不同的网络度量，例如 betweenness() 和 constraint() . 我的问题是我不是在关注个人，而是关注网络中的个人群体 . 因此，在计算不同的网络测量之前，我必须收缩顶点 . 到目前为止，我已经能够创建一个基本代码来计算度量 . 但我总共有一个 . 在一个网络中有900个组（每组最多7个成员） . 70.000个节点和250.0... -
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使用R了解产品推荐的SNA分析
如果这个问题没有得到很好的解释，请道歉 . 我正在试验我的新手R技能，以分析SNA来自SNAP的电子商务数据 . 我获得了产品共同购买信息的大数据集 . 除了其他交易详细信息（其中包含有关产品的推荐详细信息）之外，该数据集还包含#FromNode和#ToNode信息的详细信息 . 我希望测试一些网络参数的数据，如紧密度中心性，中介性，自我中心性，密度等 . 以下是我在数据集上尝试的第一个代码，我对... -
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igraph与sna：一个人做得好，另一个不能或做得不好？
在R中进行网络分析时，我对 igraph 比较熟悉，但与 sna 完全没有关系 . 我的问题是： 这两个库是否兼容？即我可以将 sna 中的操作应用于 igraph 中创建的图形，反之亦然？ 在一个包中执行的任务是否比在另一个包中执行效率更高？ 哪个库具有更易于理解的操作范围？ 总体而言，是否有任何强有力的理由在R中使用 igraph 或 sna 进行网络分析？ PS . 这些... -
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社会网络分析和组件大小 - igraph R SNA
我有一个约1,400个案例和合作伙伴的社交网络 . 我正在使用igraph创建网络，并提取一些指标（密度，平均度，介于等） 我想按组件大小分析数据（为小组件（2-3个成员），中型组件（8-20个成员）和大型组件（超过20个成员）创建类别 使用以下代码：components <-components（allcases.g）我得到一些信息，例如：$ membership，$ scize和$ nu... -
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测试图表是否在Python上的Igraph中连接
在Python中（我还没有检入R），Igraph告诉我图G不使用G.is_connected（）连接，而Networkx告诉我它是使用nx.is_connected（G）连接的 . 知道我的图表，我知道networkx就是那个 . 某处是否存在已知错误，或者这两个包对连接图有什么不同的定义？ 事实上，我想知道我的图形是否连接在一定意义上，从图形中的任何顶点到任何其他顶点都有一条路径 . 如何用ig... -
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使用Python在igraph中创建网络的性能瓶颈
我正在尝试使用igraph python模块创建一个巨大的网络 . 我正在以下列格式迭代一系列字典： d1={'el1':2, 'el3':4, ...,'el12':32} d2={'el3':5, 'el4':6, ...,'el12':21} 网络是按以下方式创建的：每个节点都是字典的键之一，其中的属性表示节点所有值的总和（例如，考虑到两个给定的字典，el3将为9） ，如果它们一起出现在同... -
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将图形转换为outdegree 1（除了额外的零权重边缘）
我在python中从http://www.dis.uniroma1.it/challenge9/download.shtml读取http://www.dis.uniroma1.it/challenge9/data/rome/rome99.gr等图形 . 例如，使用此代码 . #!/usr/bin/python from igraph import * fname = "rome99.gr... -
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R / Python / Matlab中具有动态权重（重复Dijkstra？距离矢量路由算法？）的图形最短路径
我有一个平均道路网络的图表 . 交通速度衡量一整天都在变化 . 节点是道路上的位置，边缘连接同一道路上的不同位置或两条道路之间的交叉点 . 我需要一种算法，它可以在给定开始时间的情况下解决任意两个节点之间的最短行程时间路径 . 显然，图表具有动态权重，因为边缘i的行程时间是该边缘处的交通速度的函数，这取决于您的路径到达边缘i所需的时间 . 我已经使用边权重=（edge_distance / edg... -
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maxgramta等效于igraph 1.0中的Fruchterman-Reingold布局？
给定一个时间图（在每个边缘都有一个时间属性），我有一个脚本，用于使用Fruchterman-Reingold布局绘制图形的演变 . 我的脚本基于这个例子：Temporal Networks with igraph and R with 20 lines of code . 其中一个技巧是从最后一个快照 t-1 的布局开始计算当前snapshopt t 的布局，然后用 maxdelta 限制节点位... -
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如何使用NetworkX或igraph中的多方图？
我正在使用多方网络，特别是在这种情况下使用四方网络 . 首先，在NetworkX中似乎只能通过nx.complete_multipartite_graph（）来使用完整的多方网络，而不是使用更常见的多方网络（如果我错了请纠正我） . 如有必要，我可以开始查看igraph或其他Python包 . 灵感来自于James A. Foster's question，我创建了一个类似于我的网络画，当然规模较...