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pyqtgraph中可视化的节点网络?
我有一组网络点存储为节点和边缘,用于networkx,但是想在pyqtgraph小部件中使用更高级的可视化工具,以便我可以在pyqt5中设计的GUI中使用它 . 利用matplotlib可视化nx网络的问题是颜色不显示,重力不能被操纵,等等...... 图1 最佳情况是,如果cytoscape或Gephi有后端允许集成到这些类型的GUI中,因为在nx中构建网络之后,我能够很好地利用这些内容进行可... -
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NetworkX:在DAG中查找最长路径,返回所有关联最大值
我无法弄清楚如何更新networkx dag_find_longest_path()算法以返回绑定“N”而不是返回找到的第一个最大边缘,或者返回所有与最大权重相关的边缘列表 . 我首先从pandas dataframe创建了一个DAG,它包含一个像下列子集一样的边缘列表: edge1 edge2 weight 115252161:T 115252162:A ... -
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Mpi4py的运行速度不比串行代码快
当我尝试计算具有10,000个节点的图形的中间性以进行测试时 . 似乎mpi并行版本与串行版本一样快 . 我真的不知道问题出在哪里 . 这是MPI代码: from igraph import * from pyunicorn import Network,mpi import time def master(): ig = Graph.Lattice([100, 100], 1, Fals... -
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为什么在networkx绘图中没有正确显示边缘
我在Linux Mint 17上使用Python3上的最新networkx . 我使用pcalg方法(https://github.com/keiichishima/pcalg)从数据构建有向非循环图 . 我检查过使用number_of_edges()函数确保图形有边缘 . 我的代码如下所示: skel_1, sep_1 = alg.estimate_skeleton(ci.ci_test_dis... -
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networkx:有效地找到有向图中的绝对最长路径
我希望networkx在我的有向非循环图中找到绝对最长的路径 . 我知道Bellman-Ford,所以我否定了我的图形长度 . 问题:networkx的bellman_ford()需要一个源节点 . 我想找到绝对最长的路径(或否定后的最短路径),而不是给定节点的最长路径 . 当然,我可以在图中的每个节点上运行bellman_ford()并进行排序,但是有更有效的方法吗? 从我读过的内容(例如,ht... -
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使用Python中的Networkx在DAG上查找最长路径
我有一个非常大的字符串DAG(~200k) . 我想找到此图中存在的最长路径 . 下面的代码是我如何设置图表(从字符串列表 new_list ) . #create new empty graph g = nx.DiGraph() #add all words to graph for word in new_list: g.add_node(word) #fill graph wit... -
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Networkx - 如何在显示节点ID而不是标签的节点之间获得最短路径长度
我是使用Python的NetworkX库的新手 . 假设我导入一个Pajek格式的文件: import networkx as nx G=nx.read_pajek("pajek_network_file.net") G=nx.Graph(G) 我文件的内容是(在Pajek中,节点称为“顶点”): *Network *Vertices 6 123 Author1 456 Au... -
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什么图形系统最适合具有权重的商店转换图?
我有有向图,其结构是: 节点 - Map 中某些对象的名称,边缘 - 从1个对象转换为2个对象 . 边缘有一个权重 - 转换计数(来自统计数据) 节点长度约2000个边长约50000 我需要一个快速函数 find_path(name_object1, name_object2) 与这个大图一起工作,返回从object1到具有最大权重的对象2的路径列表 . 所以,我的问题是 what system... -
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NetworkX在开始顶点找到DAG中最长路径而没有错误的最有效方法
从某个顶点开始,如何找到相对于该顶点的最长路径?我一直在浏览,无法找到这个问题的解决方案,这个问题实际上适用于所有可能的DAG案例 . NetworkX中的源代码是首选,但常规的python也很好 . 我真的很好奇为什么我无法找到任何正确的工作示例,我确实理解这是一个NP型问题,但我想知道它最有效的方式 . -
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找到pandas数据帧中两点之间平均边值最高的路径的有效方法?
请原谅这个看似令人困惑的问题 . 这是我想做的 . 给定一个数据帧 df Fruit1 Fruit2 Weight orange apple 0.2 orange grape 0.4 orange pineapple 0.6 orange banana 0.8 apple grape 0.... -
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如何用Python计算网络的Eb(k)?
在题为 Scaling of degree correlations and its influence on diffusion in scale-free networks 的论文中,作者定义了$ E_b(k)$的数量来衡量学位相关程度 . 纸 L. K. Gallos,C . Song和H. A. Makse,度量相关的缩放及其对无标度网络扩散的影响,物理学 . 莱特牧师 . 100,... -
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TensorFlow - 使用networkx图作为输入
我正在尝试使用TensorFlow构建一个可以识别CAD模型中的特征的人工神经网络 . 使用CAD模型数据我已经计算了某些面之间的邻接并将其绘制在图中,其中每个节点是面,面之间的每个边表示邻接,0和1的权重分别表示凸凹关系 . 下面是绘制邻接图的代码: import networkx as nx import matplotlib.pyplot as plt %matplotlib inline ... -
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如何在图表中隔离这些(包含图像的)路径?
我有一个图表,并希望从中隔离不同的路径 . 由于我不能用图表术语轻松地说出这个,这里是一个草图: 在 left side 上是源图的高度简化表示 . 该图具有仅具有2个邻居的节点(显示为蓝色方块) . 然后它具有交叉点和末端节点,其具有多于2个邻居或恰好1个邻居(显示为红点) . 在 right side 上,以三种不同的颜色编码,是我想要隔离的路径 . 我想隔离连接红点的所有路径 . 生成的路... -
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在python中从字符串构建图形
我有一个看起来像这样的csv文件: No String 1 A B A A B C D E E C F 1 B B B C M F G 1 A A M V 2 H C A A A B B N ... -
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Python:在随机图上调用Networkx和函数的线程安全方式
我创建了这个程序,主要是为了理解Networkx和并行化的工作原理: import random import numpy as np import networxk as nx import multiprocessing def unpack(func): @wraps(func) def wrapper(arg_tuple): return func(*ar... -
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IronPython 2.7与NetworkX 1.8.1
我正在尝试将NetworkX 1.8.1与Ironpython 2.7一起使用 . 到目前为止,我已经坚持了这个问题大约12个小时....但没有任何运气 . 每当我尝试导入networkX时,我都会遇到“未实现”错误,如下所示: NotImplementedError:未实现方法或操作 . 文件“C:\ Program Files(x86)\ IronPython 2.7 \ lib \ sit... -
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Networkx read_gml错误“networkx.exception.NetworkXError:无法在(3,1)处标记化_ 'graph'”
我正在尝试使用networkx来读取gml文件(非常简单吧?),除非我尝试读入文件,否则会收到错误“networkx.exception.NetworkXError:not tokenize u'graph'at(3 ,1)“我不太熟悉gml或networkx,所以我自己无法诊断问题 . 更奇怪的是,我的同事将使用完全相同的文件运行完全相同的命令,并且它将执行而不会出错 . 此时我已经多次卸载并重... -
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'module'对象没有属性'Dot'
我是python的初学者,我正在尝试使用以下方法绘制图形: `nx.write_dot(G, "%s.dot"%(image))` 在一个定义的函数中 . 当我执行该程序时,我收到此错误: 在main()中的第31行文件“sim.py” 在主sol.run()中输入“sim.py”,第30行 文件“C:\ Python27 \ My sim \ Solution.py”,第2... -
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在NetworkX中重载内置函数
我在Ubuntu 12.04 LTS中安装了NetworkX . 该文件夹存储在usr / local / lib / python2.7 / dist-packages / networkx /的位置 . 我在Python文件depth_first_search.py(@ /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/networkx/algorithms/tra... -
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如何使用布尔列表创建无向图?
我有一个零和一个列表 . (1是高于平均水平,0是低于平均水平)我试图制作一个无向图,但我一直在 test = (ustest[states] > final).astype(int) test2 = test.unstack()#this is still a series test3 = test2.tolist()#this is the series converted to a ... -
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如何解释networkx图
我需要帮助解释从python包networkx生成的图形 . 该文档非常适合告诉您如何创建一个,而不是如何理解一个 . 在使用pandas读入数据帧后,我有一个CSV文件,看起来像这样: origin_id destination_id total_amount created_at 0 32196 2299 1014.90 2017-06-01 ... -
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将Networkx Graph导出为JSON时获取AttributeError
我正在尝试使用下面的代码为我的图形生成JSON文件 . G = nx.DiGraph() G.add_nodes_from(['A', 'B', 'C', 'D']) G.add_edges_from([('A', 'B'), ('B', 'C'), ('B', 'D')]) type = 'layer' for node in G.nodes(): if node in ('A', 'B... -
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来自networkx的g.nodes()无法使用random.choice()
我试图在随机节点之间生成随机边缘,但代码行 ab=choice(G.nodes()) 正在生成错误 . import networkx as nx import matplotlib.pyplot as plt from random import choice G=nx.Graph() city_set=['a','b','c','d','e','f','g','h'] for each in ... -
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networkx节点'degre - 不可变类型
我正在使用 networkx ,我使用 nx.gridgraph 创建了一个图形,现在我需要按照自己的度数排列我的节点列表(所以将表面的节点与其他节点分开) . 我试着在这里使用代码,其中A是 nx.grid_graph(dim=[N,N,N]) ,所以它的节点有像(1,2,3)这样的坐标 import networkx as nx import numpy as np from operator... -
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TypeError:未知的numpy数据类型:object - networkx
我有一个像这样的数据框架 0 1 2 Navendu Jain Lisa Amini Henrique Andrade Michael Kifer Won Kim Yehoshua Sagiv Wenfei Fan ... -
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使用Networkx或其他Python Framework自动计算Graph中节点之间的距离
假设我们有一个完整的图G,其中包含由networkx库创建的节点A,B,C . 每个节点都有一个坐标属性,如{x:2,y:4} . 目前,边权重为1,但它们应该是节点之间的欧几里德距离 . 我可以用for循环来计算它们,但效率非常低 . 所以我的问题是如何以有效的方式计算边权重? 注意:我找到this但这是一个老问题 . 编辑:我创建了我的网络如下: # Get a complete graph ... -
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使用scikit的光谱聚类学习通过networkx生成的图形
我有一个3000x50的特征向量矩阵 . 我使用 sklearn.metrics.pairwise_distances 获得了相似矩阵作为'Similarity_Matrix' . 现在我使用 networkx 使用上一步中生成的相似度矩阵创建图形为 G=nx.from_numpy_matrix(Similarity_Matrix) . 我想现在在这个图上执行谱聚类 G ,但是几个谷歌搜索未能提... -
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使用networkx导出多路复用,有向图
我正在尝试从csv文件构建一个多路复用的有向图,其中每个边都有一个时间戳 . 我想将它导出到Gephi,以便作为动态图进行分析 . csv文件如下所示: cdv = [['id','timestamp', 'node 1', 'node 2', 'description'] ['1','10', '1', '2', 'description'] ['2','20', '1', '3', 'desc... -
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测试图表是否在Python上的Igraph中连接
在Python中(我还没有检入R),Igraph告诉我图G不使用G.is_connected()连接,而Networkx告诉我它是使用nx.is_connected(G)连接的 . 知道我的图表,我知道networkx就是那个 . 某处是否存在已知错误,或者这两个包对连接图有什么不同的定义? 事实上,我想知道我的图形是否连接在一定意义上,从图形中的任何顶点到任何其他顶点都有一条路径 . 如何用ig... -
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使用Python在igraph中创建网络的性能瓶颈
我正在尝试使用igraph python模块创建一个巨大的网络 . 我正在以下列格式迭代一系列字典: d1={'el1':2, 'el3':4, ...,'el12':32} d2={'el3':5, 'el4':6, ...,'el12':21} 网络是按以下方式创建的:每个节点都是字典的键之一,其中的属性表示节点所有值的总和(例如,考虑到两个给定的字典,el3将为9) ,如果它们一起出现在同...