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查找序列中的特定模式

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我正在使用R包TraMineR进行一些学术研究序列分析 .

我想找到一个模式，定义为某人在目标公司，然后出去，然后回到目标公司 .

（简化）我将州A定义为目标公司; B作为外部工业公司，C作为内部工业公司 .

所以我想要做的是找到具有特定模式A-B-A或A-C-A的序列 .

在查看此问题（Strange number of subsequences?）并阅读用户指南后，特别是以下段落：

4.3.3子序列如果u的所有连续元素ui以相同的顺序出现在x中，则序列u是x的子序列，我们简单地用u x表示 . 根据这个定义，非共享>状态可以出现在序列u和x两者之间 . 例如，u = S; M是x = S的>子序列; U;米; MC .

和

7.3.2查找具有给定子序列的序列seqpm（）函数计算包含给定子序列的序列数并收集其行索引号 . 该函数返回包含两个元素的列表 . 第一个元素MTab只是一个表，其中包含数据中给定子序列的出现次数 . 请注意，即使子序列在序列中出现多次，每个序列也只计算一次出现次数 . 列表的第二个元素MIndex给出包含子序列的序列的行索引号 . 这些索引号可用于访问相关序列（下面的示例） . 由于在字符串中搜索模式更容易，因此当使用带有TRUE选项的seqconc函数时，函数rst会以此格式转换序列数据 .

我得出结论，seqpm（）是我完成工作所需的功能 .

所以我有如下序列：A-A-A-A-A-B-B-B-B-B-A-A-A-A-A

而且，根据我在mentiod源上发现的子序列的定义，我想通过使用我可以找到那种序列：

seqpm(sequence,"ABA")

但这不会发生 . 为了找到我需要输入的示例序列

seqpm(sequence,"ABBBBBA")

这对我需要的东西不是很有用 .

  • 所以你们看到我可能错过了哪些东西？

  • 如何检索从A到B和返回A的所有序列？

  • 有没有办法让我找到从A到其他任何东西再回到A？

非常感谢 ！

r traminer

1 回答

  • 3

    seqpm 帮助页面的 Headers 是"Find substring patterns in sequences"，这就是函数实际执行的操作 . 它搜索包含给定子字符串（而不是子序列）的序列 . 似乎用户指南中存在配方错误 .

    找到包含给定子序列的序列的解决方案是使用 seqecreate 将状态序列转换为事件序列，然后使用 seqefsub 和 seqeapplysub 函数 . 我使用 TraMineR 附带的 actcal 数据来说明 .

    library(TraMineR)
data(actcal)
actcal.seq <- seqdef(actcal[,13:24])

## displaying the first state sequences
head(actcal.seq)

## transforming into event sequences
actcal.seqe <- seqecreate(actcal.seq, tevent = "state", use.labels=FALSE)

## displaying the first event sequences
head(actcal.seqe)

## now searching for the subsequences
subs <- seqefsub(actcal.seqe, strsubseq=c("(A)-(D)","(D)-(B)"))
## and identifying the sequences that contain the subsequences
subs.pres <- seqeapplysub(subs, method="presence")
head(subs.pres)

## we can now, for example, count the sequences that contain (A)-(D)
sum(subs.pres[,1])
## or list the sequences that contain (A)-(D)
rownames(subs.pres)[subs.pres[,1]==1]

    希望这可以帮助 .

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